Медицинский институт был создан при Московском университете в соответствии с постановлением Министерства духовных дел и народного просвещения (19.4.1819).

Идея организации самостоятельных медицинских институтов при университетах, где уже есть профессора, учебные пособия, клиническая база, принадлежала генералу С. К. Вязьмитинову. Целью медицинских институтов являлась подготовка и выпуск врачей с правом на практику. Помимо Московского университета такие институты были открыты также при Виленском и Дерптском университетах (1819—1820).

Для медицинского института и клинических институтов Московского университета было открыто новое здание на Никитской улице (25.9.1820), где размещались казённокоштные воспитанники медики (100 человек) и осуществлялся приём больных (общим числом на 50 коек). В медицинский институт без ограничения принимались выходцы из податных сословий, составлявшие значительную часть его воспитанников.

Создание медицинского института стало важным шагом на пути полной переориентации медицинского факультета Московского университета на подготовку и выпуск врачей с правом на практику. Существование медицинского института при Московском университете было закреплено в Уставе 1835 и Дополнительных правилах о медицинском факультете Московского университета (1845), но Уставом 1863 было упразднено.